Структуру органов управления Центром составляют администрация учреждения, Общее собрание трудового коллектива учреждения, Педагогический совет, Профсоюзная первичная организация.
На основании Устава Управление Учреждением осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
В целях содействия осуществлению коллегиального начала, развитию инициативы коллектива, расширению коллегиальных, демократических форм управления и воплощения в жизнь государственно-общественных принципов управления созывается Общее собрание трудового коллектива, являющееся высшим органом самоуправления в учреждении. К компетенции Общего собрания относятся: обсуждение Коллективного договора, Правил внутреннего трудового распорядка, принятие Устава Учреждения и представление его на утверждение в порядке, установленном муниципальными правовыми актами;
- обсуждение проектов локальных нормативных актов Учреждения;
- рассмотрение и обсуждение вопросов стратегии развития Учреждения;
- обсуждение поведения или отдельных поступков членов трудового коллектива Учреждения и принятие решений о вынесении общественного порицания в случае виновности.
- рассмотрение и принятие решений по вопросам деятельности Центра, не входящих в компетенцию других органов
самоуправления.

Управление педагогической деятельностью осуществляет педагогический совет Учреждения. Педагогический совет Учреждения состоит из всех педагогических работников Учреждения и медицинского персонала. создается с целью совершенствования работы и повышения педагогического мастерства работников Учреждения;
- действует на основании положения, утверждаемого директором Учреждения;
- организует работу по изучению и использованию педагогическими работниками современных воспитательных технологий, повышению их профессионального мастерства, по развитию творчества и экспериментальной деятельности;
- принимает решения по всем вопросам профессиональной деятельности педагогов.